2014 szeptemberében a Nemzeti Nyomozó Iroda házkutatást tartott az Ökotárs Alapítványnál és partnerszervezeteinél, valamint több munkatársuk lakásán is. A házkutatást miatt tiltakozott Móra Veronika, az Ökotárs Alapítvány elnöke, és Foltányi Zsuzsanna az alapítvány kurátora is, ezért panaszt tettek a bíróságon.

Úgy tűnt, a rajtaütést politikai indíttatásból hajtották végre, hogy ezzel félemlítsék meg az Ökotárs Alapítványt és a Norvég Civil Alap támogatottjait, mivel e szervezetek támogatásainak kifizetését a kormány fel szerette volna függeszteni addig, amíg átfogó megállapodást nem kötnek Norvégiával az összes norvég és EGT támogatásról.

A kormány 2013 végén egyoldalú döntést hozott a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség (NFÜ, az EU és az EGT támogatásait kezelő és adminisztrációjáért felelős szervezet) megszüntetéséről, és ezt követően Norvégia informálisan tájékoztatta Magyarországot, hogy fel fogja függeszteni a mintegy 142 millió eurós norvég és EGT támogatás kifizetését addig, amíg a támogató országok aggályait megnyugtató módon nem rendezi Magyarország.

2014 áprilisban Norvégia hivatalosan is tájékoztatta Magyarországot a további fejlesztési támogatások kifizetésnek felfüggesztéséről.

Lázár János, a miniszterelnöki hivatalt vezető miniszter – aki minden valószínűség szerint Orbán Viktor miniszterelnök utasításait követve járt el -, azzal reagált, hogy megvádolta a Norvég Civil Alap magyarországi kezelőjét, hogy az ellenzéki LMP-hez közeli civil szervezeteket pénzelt.

Amikor Norvégia nem volt hajlandó a gyakran kormánykritikus magyar civil szervezetek támogatását felfüggeszteni, akkor a miniszterelnöki hivatal elrendelte az Ökotárs Alapítvány és további 23 olyan civil szervezet ellenőrzését, melyek a Norvég Civil Alaptól kaptak támogatást. Az Ernst and Young az Ökotárs kérésére már korábban elkészített egy jelentéstervezetet, és az ebben feltárt apróbb szabálytalanságokat használták ürügyként az Ökotárs elleni rajtaütésre, miután a kormányoldali Magyar Nemzet közzétett egy cikket, melyben erősen azt a képzetet keltették, hogy az Ernst and Young sikkasztás nyomaira bukkant (ami nem volt igaz).

2015 január 23-án a Budai Központi Kerületi Bíróság megállapította, hogy a házkutatás és a lefoglalások törvénytelenek voltak, mivel a magyar törvények értelmében nem merült fel bűncselekmény elkövetésének a gyanúja.

A bírósági ítélet szerint nem állt fenn hűtlen kezelés bűntettének gyanúja, és nem nyomoztak jogosulatlan pénzügyi tevékenység bűntette miatt sem, ezért a Nemzeti Nyomozó Iroda házkutatása törvénytelen volt. A döntés kimondja, hogy alaptalanok voltak a kormány vádjai, és a Nemzeti Nyomozó Irodának nem lett volna joga házkutatásokat végezni az alapítványoknál valamint munkatársaiknál, és nem lett volna joguk lefoglalni eszközöket sem. A bírósági döntés ellen fellebbezésnek nincs helye.

Az Ökotárs Alapítvány üdvözölte az ítéletet, de aggodalmának adott hangot, hogy a Nemzeti Nyomozó Iroda egyértelmű politikai nyomásra törvénysértő házkutatást, lefoglalást hajt végre Magyarországon. Az Ökotárs nyilatkozatában elmondat: „A jogállamiság elveinek és betűjének betartása és betartatása a garancia arra, hogy hasonló eset ne ismétlődhessen meg. Elvárjuk a mindenkori magyar kormánytól, hogy az állami szerveket ne használja politikai nyomásgyakorlásra, mert ezzel a demokrácia szenved kárt.”